Воспоминания современников, мнения исследователей, высказывания учеников, потомков
Дело Бекмаханова: как это было…
Ермухан Бекмаханович Бекмаханов (1915–1966 гг.) – первый в Казахстане и Средней Азии доктор исторических наук, член-корреспондент Академии наук, автор монографии «Казахстан в 20-40 годы XIX века». Научный вывод о национально-освободительном характере восстания под руководством Кенесары Касымова, сделанный Ермуханом Бекмахановым в этой книге и вошедшие до этого в академическое издание «Истории Казахской ССР», стал причиной опалы, обвинения в «буржуазном национализме» и привел к его аресту. 
Это был процесс века. Процесс, по завершении которого 4 декабря 1952 года был вынесен приговор Бекмаханову – 25 лет тюрьмы.
Когда говорят о том, что пережил Ермухан Бекмаханов, вместе с его именем произносят и имя Анны Панкратовой, его научного руководителя.
Через два года после заключения в тюрьму Бекмаханов был реабилитирован и вернулся на работу. Именно благодаря упорству Анны Панкратовой, эта проблема дошла до Сталина, потом и Хрущева. 
Из воспоминаний вдовы Бекмаханова Халимы Адамовны Бекмухамедовой: 
«Она вообще очень много сделала для Ермухана. Недаром он считал ее своей второй матерью. В том, что она была действительно таковой, я убедилась, когда ему присудили 25 лет…Это было в 1953 году, перед смертью Сталина. Оказалось, что его спасла А.М. Панкратова, ставшая к тому времени депутатом Верховного Совета СССР. Она обратилась к Сталину, он же бывший ее ученик, со словами: «Молодого талантливого ученого-казаха отправили на двадцать пять лет в ссылку за научную работу по Кенесары Касымову, а я же оппонентом у него была, сама руководила написанием работы и считаю себя причастной к его судьбе. Тогда почему меня депутатом Верховного Совета назначаете? Не только молодой специалист-казах, я тоже виновата». Сталин предложил написать объяснение: «А я посмотрю». Панкратова все подробно написала, и свое заключение отдала Сталину». 
Сталин вскоре умер. И как только на смену Сталину пришел Хрущев, она обратилась и к Хрущеву.
Дело Ермухана Бекмаханова было пересмотрено 16 февраля 1954 года, он полностью был реабилитирован, и восстановлена его докторская степень. 
«Освободившись, он тут же отправился к Анне Михайловне, - вспоминает Халима Адамовна, - Она приняла его по-матерински. Дала деньги и сказала: «Прежде чем ехать в Алма-Ату, ты должен хорошо одеться. У тебя есть враги, так пусть они не думают, что они тебя уничтожили». И он говорит: «Я поехал, купил себе ратиновое пальто, прекрасную шапку, отличные туфли. Но не хватило денег на шарф. Узнав об этом, Анна Михайловна тут же протянула несколько купюр: «Вот тебе, иди и купи! И рубашку тоже, и подарки детям!». И когда вчерашний лагерник вернулся домой и пришел в Академию, все были потрясены. Вот такая она была, Анна Михайловна! Когда она умерла, Ермухан, приехав из Москвы с похорон, сказал мне: «Я никогда в жизни, даже там, в неволе, не знал, что такое сердце. А вот во время прощания с Анной Михайловной понял, где оно находится».
  Уникальные случаи из жизни, связанные с Казахстаном, казахским народом
А.М. Панкратова уделяла большое внимание подготовке кадров ученых-историков в республике. Фактически под ее руководством в 1943 году группа видных ученых-историков из Москвы, Ленинграда и Алма-Аты приступила к написанию «Истории Казахской ССР», которая в дальнейшем была подвергнута критике за «идеализацию» антирусских восстаний. Это был первый в советской исторической науке фундаментальный труд, обобщение опыта изучения истории в масштабе союзной республики с древнейших времен по 40-е годы ХХ века. 
В условиях сурового военного времени, идеологического прессинга, спорности многих вопросов такая работа имела колоссальное значение. В авторском коллективе были А. Баевский, Е. Бекмаханов, А. Бернштам, М. Вяткин, Б. Греков, Н. Дружинин, Н. Тимофеев, А. Якунин, М. Ауэзов, Е. Исмаилов, С. Муканов и др. 
Коллектив авторов успешно справился с работой. Книга стала вехой в изучении истории народов Союза, дала стимул для научного поиска, дискуссий, расширению круга исторических источников. Причем это относится как к досоветскому, так и советскому периоду. Кроме руководства, написания отдельных разделов и редактирования книги А.М. Панкратова выступила и с обобщающей статьей. 
Докторские диссертации историков Е.Б. Бекмаханова, С.Н. Покровского готовились под ее руководством. 
Кроме этого, она приложила огромные усилия для восстановления имени выдающегося сына казахского народа Шокана Валиханова.